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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已界面显示出普遍的生态学活性酶类，是指抗癌肿和抵抗毒影响。一般，三萜是确认甲羟戊酸行业结合的，并从天然绿植的绿植的和真菌孢子中领取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表文章了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的分析整形论文。该分析表明三萜类有机物野生野生灵芝酸（GA）是依据液态体培养出来的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学体应用形成的。能够转录组和血清质组学技巧进的一步深入研究无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT形成有两种野生野生灵芝酸（GA）的长效机制，并按照两组学技巧验测到的对比分析表观遗传和对比分析血清，推断DHT 生态学体结合 GA 的有效途径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和功能模块的分类

可以通过对无柄虫草病菌菌丝体去转录组测序共收获67230个转录本和14299个单dna。在一些单dna中，49多个被检测为距离体现dna（DEGs），另外213个体现调涨，279个体现下跌（图1A）。GO聚集剖析后，DEGs分成微生物时（BP）、受损组织细胞营养成分（CC）和原子职能（MF）3类。在BP行业种类中，导致了前五个子行业种类：抗菌素溶解分解时，乙酸盐分解时和甲酸盐分解时;而在CC行业种类中，受损组织细胞外区、突触符合体、突触构成是前五个亚类。而言MF行业种类，甲酸脱氢酶（NAD）灵活力、钝化修复酶灵活力和酸氨（或酰胺）接入酶灵活力是前五个亚行业种类（图1B）。在DEGs的KEGG手机信号环路剖析中，前30条聚集度上限的手机信号环路有27条归属分解，另外甲烷气体分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解手机信号手机信号环路有明显聚集（图1D）。

图1|转录多组分析和职能分类管理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

用对无柄灵芝粉病菌菌丝体实现血清酶质组学使用剖析，共设明确了16,457种独特性肽、2606种血清酶质和2588种降钙素原检测血清酶质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的筛分经济条件下，没有你2606种血清酶质中，94种被认定为对比描述血清酶（DEPs），这之中52种调整，42种上涨（图2A），图2C出现了对比描述血清酶的聚类算法使用剖析热图。从GO使用剖析来谈，BP行业类型出现，太而言DEPs参与性冰醋酸盐新陈基础产生率率全阶段、抗菌药定性定量分析一下新陈基础产生率率全阶段和药物剂量定性定量分析一下新陈基础产生率率全阶段。CC类DEPs在肿瘤细胞系膜系外区、过空气铁的氧化的物酶体和微体中占有率上限的，空气氧化的重现酶催化生物技术技术和甲酸脱氢酶（NAD）催化生物技术技术在MF类中DEPs的占比上限的（图2B）。与转录组最终结果相仿，KEGG预警通道使用剖析出现，无数DEPs在新陈基础产生率率中聚集，这之中3条最聚集的方式是光合生物技术技术中的碳使用固定、碳新陈基础产生率率和MAPK预警预警通道（图2D）。再者，用使用剖析GO数据文件库的CC对DEPs实现亚肿瘤细胞系膜系固定使用剖析和注脚（图2E），DEPs通常分布不均在肿瘤细胞系膜系质（40.66%）、肿瘤细胞系膜系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），策略上是GAs生物技术技术转化成的通常地段。

图2|蛋清质组的一定量概述和模块校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

过活物转变成和对比组获选DEGs和DEPs制作方法了维恩图，有20个距离把你想体现出来人类基因组组（图3A）。对转录组和球核苷酸组中E组和C组共出的DEGs/DEPs去聚类定性研究分析定性研究分析，发现mRNA和球核苷酸两者期间有14个上浮人类基因组组和4个降低人类基因组组，DEGs和他翻译英语的DEPs把你想体现出来水平方向呈正相应的的，基本概念Pearson的相应的的因子定性研究分析，在转录组和球核苷酸组两者期间测量到相较较高的相应的的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）的检测结局表明，E组和C组1一个DEGs的展示质量性别差异强势，在这其中9个为调整DEGs，两个为上涨DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展示动向与转录成分析结局不同。

图3|淀粉酶质组的降钙素原检测定性分析和功能模块校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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