代谢组学技术在中药研究中的应用主要体现在以下几个方面：
1. 中药成分分析与质量控制
催化上材料鉴别：基础产生组学技術才能对草药方中的催化上催化上材料来进行多方面分折，鉴别出药才中的可溶性酶类催化上材料。随后，使用研究背景质谱（MS）的基础产生组学技術，能否鉴别出冬虫夏草中的冬虫夏草皂苷等可溶性酶类催化上材料。这般技術还能否界定药用价值价值和非药用价值价值部份的催化上标注物，为草药方的产品质量调节能提供根据。
产品控住：可不能够 进行消化吸收转化转化组学技艺，可不能够 对中医的产品做好测试和控住。譬如，借助常绿作物消化吸收转化转化组学降钙素原检测分析，可不能够 开放采取类风湿病性依然能炎的中医化学上基本含量的产品图标的降钙素原检测技巧。除此之外，消化吸收转化转化组学还可不能够 设别中医中的渗透性化学上基本含量及渗透性制度化，如可不能够 进行UPLC-Q-TOF-MS分析，分其他乌头常绿作物的化学上化学上基本含量，并设别有着止痛活力和发生急性渗透性的生物工程碱。
2. 中药药效机制研究
功能靶点面部面部识别：基础代谢组学技术水平可不可以有助于面部面部识别中草药活性氧有效成分的团伙靶点。列举，探讨显示雷公藤红素可经过可以调节Treg/TH1和Treg/Th17取舍、中医NF-κB信号通路等机制化展现免疫抑制功能。
效果缘由阐述：分泌组学新技术够蕴含成药缓解皮肤疾病的效果缘由。譬如，探讨发掘青蒿素抗药性与疟原虫的线粒体分泌变动各种相关的，非靶向治疗分泌组学蕴含了与该过程中各种相关的分泌物变现。与此同时，分泌组学还也可以可以通过研究分析分泌物的变现，探讨成药复方的效果缘由。
3. 中药安全性评价
毒副作用系统探索：排泄组学技术水平行使用在探索中药材的毒副作用系统。比如说，实现排泄组学和16S rDNA测序的构建分享，揭露了清益汤对病情比较重的时候突然膀胱胰腺炎有密切关系突然膀胱肺伤到的爱护系统，并肯定了铁沉积、直接的密切关系排泄物和微生物培养基制品菌群直接的密切关系。
保密性高性评诂：基础代谢组学水平还应该动用草药的保密性高性评诂，辨识潜在性的致毒因素和致毒靶点，导致为草药的保密性高动用打造科学有效证据。
4. 中医证候研究
证候一些细胞排泄转化转化物分享：细胞排泄转化转化组学系统还可以用做分析方法与中医师学证候一些的内源性细胞排泄转化转化物变动，铺助中医师学证候的程度和行为矫正。诸如，借助细胞排泄转化转化组学分析，已在冠心脏病患儿中监定出与痰瘀证主气阴两虚证一些的生态学标志图片物。
证候调控探析：分解分解代谢组学能力还能用到探析中要对中医学证候的调控目的。列举，在分解分解代谢组学能力及聚类探讨法探讨法，看见“黄芪-茯苓-泽泻”等绑定制剂标配适在到肾病结合征的新组方制剂，都可以对各种各样肾病结合征相关的的菌物标志牌物所产生影向。
5. 多组学技术整合应用
两组学转型：新陈代谢组学与某个组学枝术（如遗传基因组学、转录组学、高蛋白质组学等）的转型技术应用软件，为中草药方设计给予一个多层次的研究分析结构框架。类似这些转型技术应用软件不止变大了人们对中草药方部分在分子结构要素上对人体肌肉生物学和病理学情况下的导致，还为体现中草药方的的功效机制化和药用价值杂质基础性给予了强坚实的软件工具。
病诊治规则：几组学水平也可以广泛用于研发成药诊治病的碳原子规则。比如，完成淀粉酶质组学和分解细胞代谢组学的联动APP，蕴含了与中医理论种类的膝膝盖骨骨性膝盖骨炎密切联系相应的的差异形容淀粉酶和分解细胞代谢径路。
新陈代谢组学科技在草药理论研究中的用，为草药的如今的化和靶向医药保证了很重要的数学可以，有益于着力推进草药的规范化和新多元化进步。